【お客様事例】FastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerを組み合わせて抽出したmiRNAの次世代シーケンサーによる解析

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アプリケーションノート 2022<18>
製品名:FastGene™ RNA Premium Kit(Cat.No.FG-81006、FG-81050、FG-81250)
    FastGene™ miRNA Enhancer(Cat.No.FG-RNAE-S、FG-RNAE-25)
メーカー名:FastGene™

下記のデータは、社会医療法人大雄会医科学研究所 菊池 有純 様のご厚意により掲載させて頂きました。

背景

microRNA(miRNA)は、18から25塩基程度の非常に小さな1本鎖RNA分子で、遺伝子発現の調整に影響を与えることが知られています。
とくに近年では次世代シーケンサーを利用したmiRNAの発現量の比較やターゲット遺伝子の予測などの解析が進んでおり、癌などの疾患とも密接に関わっているため、各種疾患や生命現象のバイオマーカーとして注目されています。
FastGene™ miRNA Enhancerは、市販のカラム法を用いたRNA抽出キットと組み合わせることによって、miRNAの効果的な回収が可能となります。
本実験ではFastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerを組み合わせて抽出したmiRNA(DNase I処理あり)と、既存のmiRNA抽出用Kitを用いて抽出したmiRNAをそれぞれ次世代シーケンサーにて解析し、解析結果を比較しました。
得られたmiRNAが次世代シーケンサーでも問題なく解析が可能であった事例としてご参照ください。

評価方法

評価方法

結果

Sample Reads Bases Error rate Q20 Q30 GC content
FG_No 1 3130470 0.16G 0.01% 99.03% 96.54% 49.55%
FG_No 2 2751048 0.14G 0.01% 99.34% 97.41% 49.92%
HP_No 1 2471473 0.12G 0.01% 99.29% 97.26% 50.34%
HP_No 2 3180142 0.16G 0.01% 99.28% 97.19% 50.27%
  • miRNA配列長の分布miRNA配列長の分布
まとめ
mature miRNAの塩基長(20-25 nt)を含む、低塩基数のmiRNAを検出できたことから、FastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerの組み合わせで、miRNAの塩基長が抽出できていることが証明され、また、次世代シーケンサーにて解析できることがわかった。
お客様のコメント
FastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerの2製品の組み合わせでmiRNAの次世代シークエンサーによる解析が可能であることが確認できました。特に配列長の分布は本試薬の特長の一旦を示すものと思われ、興味深い結果でした。

補足:miRNA抽出方法

miRNA抽出方法:FastGene™ RNA Premium Kit + FastGene™ miRNA Enhancer miRNA抽出方法:HighPure miRNA Isolation Kit

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