新発売!Circulomics社 Short Read Eliminator Kit(低分子DNA除去キット)

低分子除去キット Short Read Eliminator Kit新発売

次世代シークエンス解析において、高分子の迅速なHigh Passサイズセレクションが必要な時に、余分な低分子が多く残っていることによりシーケンスの効率に大きく影響が出てしまうというお声をよくお聞きします。そんな研究者様のお悩みを解決する低分子除去キットがこの度発売開始となりました。

その名も、Short Read Eliminator Kit(Circulomics 社)。
今回はこちらの製品を皆さまにご紹介いたします。

Short Read Eliminator Kit

特長

  • PacBio や Oxford Nanopore ユーザー様におすすめ!
  • サイズ選択的な沈殿法により最大 40 kb未満のショートリードを除去することが可能

  • 長さが最大40 kbの短いDNAを除去することで、結果的に平均リード長を劇的に向上させることが可能

  • 操作は遠心と2回の洗浄ステップのみで、非常に簡単
  • キットになっていますので、高価な装置は必要ありません!

図1

(図1)SREを用いた20 kb未満の低分子除去

Short Read Eliminator(SRE)Kitを用いてサイズ選択されたHMW gDNAの1%アガロースゲル電気泳動。SRE Kitを用いることで短いDNAバンドがすべて除去された。(レーン右)
DNAサイズのカットオフはスパイクインラダー(Shermo Scientific GeneRuler 1 kb Plus.#SM1334)を用いて実証されています。
サンプルはnanoBind CBB Big DNA Kit +20 ng / uLラダーを用いてGM12878細胞から抽出した50 ng / uL gDNAです。

操作は遠心と2回の洗浄のみで1~2時間で完了!

ラインナップは3種類

カットオフサイズに応じてご選択いただけます。

Cat.No. カットオフサイズ インプットDNA 回収効率 補足
SS-100-121-01 10 kb 50 – 150 ng / uL 80% 断片化DNAに最適
SS-100-101-01 25 kb 50 – 150 ng / uL 60% 高品質のDNAが必要
(>48 kb)
SS-100-111-01 40 kb 50 – 150 ng / uL 40% より高品質のDNAが必要(>>48 kb)

お客様事例のご紹介

【ナノポアシーケンスライブラリ調製(GridION / MinION)におけるShort Read Eliminator Kitによるサイズセレクション】
慶應義塾大学先端生命科学研究所 荒川 和晴 様
採用製品:Short Read Eliminator Kit(Cat.No. SS-100-101-01)
     SageScience社 Pippin Pulse™(Cat.No. PPI0200)

荒川様のコメントをご紹介

• Short Read Eliminatorはほぼエタノール沈殿と同等の手順で、事前の設備導入の必要なく簡便かつ効率よく高分子DNAのみを得ることができる。
• サイズ分布としては15 kbp以下をほとんど落としているように見える。
• カタログにあるように、25 kbp以下は減少が見られる(input DNAでのサイズセレクション結果で見られるなで肩部分が失われている)
• 25 kbp以上の高分子に関してはほぼ失うことなく回収できてる印象。ただし、200 kbp以上の超高分子はピペッティングや遠心のステップの関係でロスしている。
(>15 kbpのセレクションをちゃんとできるためには相応にかなり長いDNAが抽出できている必要がある。)
• リードの分布を見ると多少短い断片も残ってしまっているが、簡便かつ機器などの初期投資が不要なため非常に優秀な印象。

オーダー情報

Cat.No. 商品名 入数 価格(税抜)
SS-100-121-01 Short Read Eliminator Kit XS 15 回用 ¥39,800
SS-100-101-01 Short Read Eliminator Kit
SS-100-111-01 Short Read Eliminator Kit XL

※価格は2020年7月現在

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