【プロトコルをご紹介】Nanobind UHMW DNA(超高分子量DNA)精製キット

Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit × Nanobind Big DNA KitでUHMW DNA精製!

Nanobind Ultra-Long Library Prep Kitは、Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethIONでウルトラロングリード(100 kb – 1+ Mb)のライブラリーを調製するのに適した製品です。
Nanobind Big DNA Kit(細胞・全血・バクテリア用/組織用/植物用)と組み合わせて、最適化されたプロトコル*1を使用することで、UHMW DNAの精製が可能です。
本ページでは、各サンプルと期待収量、シーケンス結果、プロトコルをご紹介いたします。
*1 最適化されたプロトコル「Nanobind Library Prep – Ultra Long Sequencing Protocol」はこちらをご覧ください。

この記事で紹介した製品

Nanobind Ultra-Long Library Prep Kitの製品特長

Nanobind Ultra-Long Library Prep Kitは、UHMW DNA Aux KitとNanobind UL Library Prep Kitで構成されています。
以下ワークフローのNanobind UHMW DNA ExtractionとNanobind Library Cleanupの2つのステップにおいて、Nanobind Ultra-Long Library Prep Kitは効果を発揮します。

UHMW DNA(超高分子量DNA)精製キット

各サンプルと精製キットの対応表

Nanobind UHMW DNA Extractionは、サンプルの種類によって使用するNanobind Big DNA Kitやプロトコルが異なり、現在は以下のサンプルに対応したキットとプロトコルがあります。

サンプル UHMW DNA精製キット
グラム陰性菌 Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)
グラム陽性菌
全血(哺乳類)
有核細胞
培養細胞
組織 Nanobind Tissue Big DNA Kit
植物 Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kit

製品価格

お得なキャンペーン価格でご提供中(6月末まで)

CatNo. 製品名 単位 価格
(税抜き)
NB-900-601-01 Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit
(オックスフォードナノポア MinION、GridION、PromethION用)
キャンペーン中!期間:2022年06月30日まで
6回用 ¥45,000
¥38,250
NB-900-001-01 Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット
(細胞・全血・バクテリア用)
キャンペーン中!期間:2022年06月30日まで
20回用 ¥100,000
¥85,000
NB-900-701-01 Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット(組織用)
キャンペーン中!期間:2022年06月30日まで
20回用 ¥110,000
¥93,500
NB-900-801-01 Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット(植物用)
キャンペーン中!期間:2022年06月30日まで
20回用 ¥100,000
¥85,000

※価格は2022年6月現在のものです。

グラム陰性菌とグラム陽性菌のプロトコル

サンプルと期待収量

UHMW DNA (50 kb~1+ Mb) の収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、大腸菌とリステリア・モノサイトゲネスからUHMW DNAを抽出した結果を示します。

  260/280 260/230 Nanodrop Top
(ng/µL)
Nanodrop Middle
(ng/µL)
Nanodrop Bottom
(ng/µL)
Nanodrop Avg
(ng/µL)
Qubit dsDNA
(ng/µL)
Qubit RNA
(ng/µL)
E.coli 1.8 1.54 17.5 128.5 18.2 54.7 23.1 5.4
L.monocytogenes 1.79 1.25 40.6 68.5 310.5 140 68.2 14.0
シーケンス結果

Nanobind CBB Big DNA Kitを使用して大腸菌とリステリア・モノサイトゲネスからUHMW DNAを抽出し、MinIONとPromethIONによってシーケンスを行った結果を示します。

Nanobind Ultra Long Sequencing – Gram-negative bacteria, E. coli
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb)  Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
MinION1 25.9 66.4 8.6 2.7 1 1.1
PromethION 2 77.4 128 47.1 22.5 133 3.3

Sequenced using a single load for 72 h
Data generated in collaboration with Oxford Nanopore Technologies. Sequenced using a single load for 72 h.

Nanobind Ultra Long Sequencing – Gram-positive bacteria, L. monocytogenes
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb) Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
MinION 22 50 4.8 1.3 1 1.2
PromethION 58 53 13.2 3.6 3 1.0
プロトコル詳細

プロトコルの詳細は、以下の資料からご覧いただけます。

血液サンプル(全血または有核細胞)のプロトコル

サンプルと期待収量

UHMW DNA (50 kb~1+ Mb) の収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、全血(哺乳類)と有核細胞(魚類)からUHMW DNAを抽出した結果を示します。

  260/280 260/230 Nanodrop
Top
(ng/µL)
Nanodrop
Middle
(ng/µL)
Nanodrop
Bottom
(ng/µL)
Nanodrop
Avg
(ng/µL)
Qubit
dsDNA
(ng/µL)
Qubit
RNA
(ng/µL)
Human Blood 2.2 3.0 7.7 72.2 17.9 32.6 143 7.1
Fish Blood 1.91 2.56 14.8 148.4 9.3 57.5 28.0 5.5
シーケンス結果

Nanobind CBB Big DNA Kitを使用して全血(哺乳類)と有核細胞(魚類・爬虫類)からUHMW DNAを抽出し、MinIONとPromethIONによってシーケンスを行った結果を示します。

Nanobind Ultra Long Sequencing – Human Blood
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb)  Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
GridION 18.6 104.6 9.9 4.2 11 1.5
PromethION 67.6 84.4 28.4 8.1 6 1.3
Nanobind Ultra Long Sequencing – Nucleated Blood
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb)  Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
Fish Blood (GridION) 16.8 98.6 8.3 3.4 1 1.0
Australian Sleepy Lizard(PromethION) 62.8 78.4 24.0 5.8 3 1.6
プロトコル詳細

プロトコルの詳細は、以下の資料からご覧いただけます。

培養細胞のプロトコル

サンプルと期待収量

UHMW DNA (50 kb~1+ Mb) の収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、培養細胞からUHMW DNAを抽出した結果を示します。

  260/280 260/230 Nanodrop
Top
(ng/µL)
Nanodrop
Middle
(ng/µL)
Nanodrop
Bottom
(ng/µL)
Nanodrop
Avg
(ng/µL)
Qubit
dsDNA
(ng/µL)
Qubit
RNA
(ng/µL)
HG02723 2.04 2.20 121.6 77.8 89.8 96.4 49.5 15.4
シーケンス結果

Nanobind CBB Big DNA Kitを使用して培養細胞からUHMW DNAを抽出し、MinIONとPromethIONによってシーケンスを行った結果を示します。

Nanobind Ultra Long Sequencing – HG02723 Human Cell Line
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb)  Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
MinION 24.5 96.8 11.9 4.7 6 1.2
PromethION 129.6 93.1 60.5 20.3 0 0.99
プロトコル詳細

プロトコルの詳細は、以下の資料からご覧いただけます。

組織のプロトコル

組織サンプルのプロトコルは、ホモジナイズ方法の違いにより2種類のプロトコルがあります。

サンプルと期待収量

UHMW DNA (50 kb~1+ Mb) の収量は、ホモジナイズ方法と使用するサンプルによって異なります。
次の表に、それぞれのプロトコルでUHMW DNAを抽出した結果を示します。

■ダウンス型ホモジナイザー使用時

  260/280 260/230 Nanodrop
Top
(ng/µL)
Nanodrop
Middle
(ng/µL)
Nanodrop
Bottom
(ng/µL)
Nanodrop
Avg
(ng/µL)
Qubit
dsDNA
(ng/µL)
Qubit
RNA
(ng/µL)
Vole Kidney(20 mg) 1.90 2.60 346.1 336.1 362.6 348.3 210 25.4

■TissueRuptorⅡ使用時

  260/280 260/230 Nanodrop
Top
(ng/µL)
Nanodrop
Middle
(ng/µL)
Nanodrop
Bottom
(ng/µL)
Nanodrop
Avg
(ng/µL)
Qubit
dsDNA
(ng/µL)
Qubit
RNA
(ng/µL)
Vole Kidney(16 mg) 1.90 2.50 420.1 367.9 288.9 359.0 160 28.2
Fish testes(18 mg) 1.92 3.40 209.7 424.8 231.7 288.7 233.5 18.0
Mouse brain(20 mg) 1.88 2.61 210.2 153.3 360.1 241.2 194.0 18.8
Bovine lung(34 mg) 1.86 2.27 319.5 221.7 107.4 216.2 316.5 27.0
シーケンス結果

Nanobind Tissue Big DNA Kit及びTissueRuptorⅡ使用プロトコルにて、ウシ胎児の肺組織からUHMW DNAを抽出し、PromethIONによってシーケンスを行った結果を示します。

Nanobind Ultra Long Sequencing – Bovine Fetal Lung
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb)  Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
PromethION 38.5 51 8.9 1.9 3 0.9
プロトコル詳細

プロトコルの詳細は、以下の資料からご覧いただけます。

植物のプロトコル

植物サンプルでは、最初に核を抽出し、次に核からDNAを精製します。
また、核を抽出するプロトコルには、ホモジナイズ方法の違いにより2種類のプロトコルがあります。
他のサンプルとは異なり、植物サンプルからUHMW DNA (50 kb~1+ Mb) を精製するプロトコルはありません。
ultra long nanopore sequenceを行う場合、以下のHMW DNA (50 kb~300+ kb) を精製するプロトコルをご使用ください。

サンプルと期待収量

HMW DNA (50 kb~300+ kb) の収量は、ホモジナイズ方法と使用するサンプルによって異なります。
次の表に、TissueRuptorⅡ使用プロトコルにてUHMW DNAを抽出した結果を示します。

  260/280 260/230 Nanodrop
Top
(ng/µL)
Nanodrop
Middle
(ng/µL)
Nanodrop
Bottom
(ng/µL)
Nanodrop
Avg
(ng/µL)
Qubit
dsDNA
(ng/µL)
Qubit
RNA
(ng/µL)
Pepper Leaf 2.7 2.2 92.7 34.4 19.1 48.7 40.7 N/A
シーケンス結果

Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kit及びTissueRuptorⅡ使用プロトコルにて、植物の葉からUHMW DNAを抽出し、MinIONによってシーケンスを行った結果を示します。

Nanobind Ultra Long Sequencing – pepper
Instrument Total Bases
(Gb)
N50 (kb)  Gb
>100 kb
Gb
>200 kb
Number Reads
>1 Mb
Longest Read
(Mb)
MinION 9.0 51.5 1.9 0.3 0 0.52
プロトコル詳細

プロトコルの詳細は、以下の資料からご覧いただけます。

■核抽出プロトコル

■HMW DNA精製プロトコル

UHMW DNA 精製キットの詳細・価格はこちら

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