【製品性能評価】モバイル型リアルタイムPCR装置「Franklin™」を用いた インターカレーター法での定量測定

日本ジェネティクスのテクニカルノートとは?

発売したばかりの新製品の性能評価や、既存製品の最適な条件を追求するための条件検討をすることでお客様に心からご納得頂いた上で商品をお使い頂けるよう、様々な評価試験を行っています。
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目的

KAPA SYBR Fastを用いてFranklin(モバイル型)で測定し、定量測定の評価を行った。
また、LightCycler® 96(ベンチトップ型)との検出比較を行い、機器の性能評価を行った。

背景

インターカレーター法で使用するSYBR® 色素は、PCR中に形成される二本鎖DNAに結合することにより、増幅産物の蛍光を検出する事ができる。TaqMan法に比べ、蛍光プローブを作成する必要がなく、所有しているプライマーを用いて簡便にリアルタイムPCRが可能となり、コストも抑えられることから手軽に目的産物の増幅を確認する事ができる手法として広く使用されている。
またMelting Curveで非特異的増幅の有無の確認もできるため、実施したPCRの信頼性もその場で確認が可能である。
屋外でモバイル型リアルタイムPCR装置を使用する上で、コストや手間を軽減できることは非常に有用であるため、今回の検証ではインターカレーター法を用いてFranklinでの検証を実施した。

実験条件

● テンプレート

● プライマー

● 反応組成 

● 反応条件

融解プログラムの設定

ほとんどのリアルタイムPCR装置では解離曲線解析を行うために、サーマルサイクリングプロトコルの直後に融解プログラムを組むようにリアルタイムPCR装置を設定することが可能である。
Franklinの場合は通常のqPCR反応を行ったのち、別のプログラムでMELTプログラムを作成して解離曲線解析を実施する。

測定結果(再現性試験)

n=2で測定を行い。再現性を確認した。

再現性が高い事が確認できた。

測定結果(機種間比較)

LightCycler® 96との比較(Cq)

FranklinとLight Cycler® 96と比較して同じような値となった。

 

LightCycler® 96との比較(Standard Curve)


LightCycler® 96との比較(Melting Curve)


まとめ
• 実験の再現性が高いため、信頼性がある。
• LighyCycler® 96と比較しても同等の結果が得られた。
• インターカレーター法が使用できることでスクリーニング目的でのリアルタイムPCR測定が利用可能であり、より広いアプリケーションに対応できる。

 

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