高いライブラリー収率と低いエラー率を実現したKAPAの分子バーコード付きアダプター
KAPA HyperPlex アダプターシリーズから、固有の分子バーコード(Unique Molecular Indexes)を含んだイルミナプラットフォーム用のアダプターが新発売!
本製品とKAPA UDI Primer Mixesを共に使用することで、分子バーコード付きのライブラリーを調製する事ができます。各サンプルに付加した分子バーコードを解析することで、異なるリードを適切に判別することが可能となり、低頻度のバリアント検出の精度をさらに⾼めることができます。
KAPA Universal UMI Adapter
- 16種類の分子タグを含んだアダプター試薬
- バーコードコンタミネーションを防ぐQCテスト実施済
- KAPA UDI Primer Mixesと組み合わせて使用する、Truncated アダプター。最大384種類のインデックスに対応
CatNo. | 製品名 | 単位 | 価格(税抜き) |
---|---|---|---|
9329862001 | KAPA Universal UMI Adapter, 960 μL | 960 μL | ¥72,000 |
KAPA Unique Dual Index Primer Mixes | |||
9134336001 | KAPA UDI Primer Mixes, 1-96 | 96反応 | ¥65,000 |
9329838001 | KAPA UDI Primer Mixes, 97-192 | 96反応 | ¥65,000 |
9329846001 | KAPA UDI Primer Mixes, 193-288 | 96反応 | ¥65,000 |
9329854001 | KAPA UDI Primer Mixes, 289-384 | 96反応 | ¥65,000 |
※価格は2021年12月現在のものです。
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Full lengthアダプターと比較して高いライブラリー収率を実現
50 ngのヒトゲノムDNA(NA12878; Coriell Institute)とKAPA HyperPlus Kitを⽤いて、Truncated(KAPA HyperPlex)アダプター、Full lengthアダプターの平均ライブラリー収量を⽐較した結果(n=12、PCR cycle 7)
Truncatedアダプターは、Full lengthと⽐較して、約2倍の収量が得られました。
低頻度変異の解析に必要な低エラー率を実現
独自の二本鎖バーコーディングを採用
⼀本鎖からなる分⼦バーコードと⽐較して、⾮常に低いエラー率を実現することができます。また、本製品による分⼦バーコード配列はインサート配列のすぐ隣に導⼊されるので、PCRによるキメラの発⽣頻度が低く、マッピングされないリードの割合を最⼩限にします。このため、効率の良いシーケンスを実現します。
慎重に設計された16種の配列既知の分子タグ
本製品は、ランダム配列の分子バーコードではなく慎重に選択した16種の既知配列の分⼦バーコードを使⽤しています。このため、バーコード上に⽣じたエラーは解析の際に除外できます。また、フラグメントの両側に付加する⽅式を採⽤しているため、16×16=256種類の分子が識別できます。解析時には、それぞれのフラグメントのスタート位置とエンド位置も考慮してユニーク分⼦を判別しますので、⼗分な感度での解析が可能です。
データ解析時にin silicoでオリジナルの⼆本鎖の配列を作成(再現)します。
(Integrated digital error suppression for ultrasensitive detection of circulating tumor DNA Nat Biotechnol. 2016 34:547-555.より改変)
KAPA HyperCap Workflowに適合
- 本製品を⽤いる、FFPE/cfDNA専⽤プロトコールが⽤意されています。
KAPA HyperCap FFPET DNA Workflow
KAPA HyperCap cfDNA Workflow - 384種類のKAPA UDI Primer Mixesと併せて使用します。
- アダプター配列が短いため、アダプター配列同士のセルフアニーリングを防ぐためのブロッキングオリゴが効果的に作用でき、⾼いオンターゲット率を実現します。
健康なドナーから採取した5種のcfDNAサンプルとctDNA Complete™ Reference Material AF0.5 % (SeraCare)を用いて、KAPA HyperCap Oncology Panelによるライブラリー調製とターゲットキャプチャーを行った比較結果(n=2、50 millon cluster, 2 x 150 bp)
KAPA Universal UMI Adapterは、Supplier I社のUMIアダプターと⽐較して、% error rateが低く、duplex recovery率(in silicoでの⼆本鎖の再現率)が⾼くなりました。このように、分⼦バーコードとして⾼いパフォーマンスを⽰します。
この記事で紹介した製品
より詳しい資料・取扱説明書などは下記リンクより製品詳細ページをご覧ください。