高いライブラリー収率と低いエラー率を実現したKAPAの分子バーコード付きアダプター

KAPA HyperPlex アダプターシリーズから、固有の分子バーコード（Unique Molecular Indexes）を含んだイルミナプラットフォーム用のアダプターが新発売！
本製品とKAPA UDI Primer Mixesを共に使用することで、分子バーコード付きのライブラリーを調製する事ができます。各サンプルに付加した分子バーコードを解析することで、異なるリードを適切に判別することが可能となり、低頻度のバリアント検出の精度をさらに⾼めることができます。

この記事で紹介した製品

KAPA Universal UMI Adapter

※価格は2021年12月現在のものです。
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Full lengthアダプターと比較して高いライブラリー収率を実現

50 ngのヒトゲノムDNA（NA12878; Coriell Institute）とKAPA HyperPlus Kitを⽤いて、Truncated（KAPA HyperPlex）アダプター、Full lengthアダプターの平均ライブラリー収量を⽐較した結果（n=12、PCR cycle 7）

Truncatedアダプターは、Full lengthと⽐較して、約2倍の収量が得られました。

低頻度変異の解析に必要な低エラー率を実現

独自の二本鎖バーコーディングを採用

⼀本鎖からなる分⼦バーコードと⽐較して、⾮常に低いエラー率を実現することができます。また、本製品による分⼦バーコード配列はインサート配列のすぐ隣に導⼊されるので、PCRによるキメラの発⽣頻度が低く、マッピングされないリードの割合を最⼩限にします。このため、効率の良いシーケンスを実現します。

慎重に設計された16種の配列既知の分子タグ

本製品は、ランダム配列の分子バーコードではなく慎重に選択した16種の既知配列の分⼦バーコードを使⽤しています。このため、バーコード上に⽣じたエラーは解析の際に除外できます。また、フラグメントの両側に付加する⽅式を採⽤しているため、16×16＝256種類の分子が識別できます。解析時には、それぞれのフラグメントのスタート位置とエンド位置も考慮してユニーク分⼦を判別しますので、⼗分な感度での解析が可能です。

データ解析時にin silicoでオリジナルの⼆本鎖の配列を作成（再現）します。
（Integrated digital error suppression for ultrasensitive detection of circulating tumor DNA Nat Biotechnol. 2016 34:547-555.より改変）

KAPA HyperCap Workflowに適合

• 本製品を⽤いる、FFPE/cfDNA専⽤プロトコールが⽤意されています。
  KAPA HyperCap FFPET DNA Workflow
  KAPA HyperCap cfDNA Workflow
• 384種類のKAPA UDI Primer Mixesと併せて使用します。
• アダプター配列が短いため、アダプター配列同士のセルフアニーリングを防ぐためのブロッキングオリゴが効果的に作用でき、⾼いオンターゲット率を実現します。

健康なドナーから採取した５種のcfDNAサンプルとctDNA Complete™ Reference Material AF0.5 % (SeraCare)を用いて、KAPA HyperCap Oncology Panelによるライブラリー調製とターゲットキャプチャーを行った比較結果（n=2、50 millon cluster, 2 x 150 bp）

KAPA Universal UMI Adapterは、Supplier I社のUMIアダプターと⽐較して、% error rateが低く、duplex recovery率（in silicoでの⼆本鎖の再現率）が⾼くなりました。このように、分⼦バーコードとして⾼いパフォーマンスを⽰します。

この記事で紹介した製品

より詳しい資料・取扱説明書などは下記リンクより製品詳細ページをご覧ください。

ユニバーサルUMIアダプター| 日本ジェネティクス株式会社 製品検索

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