【お客様事例】FastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerを組み合わせて抽出したmiRNAの次世代シーケンサーによる解析

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アプリケーションノート　2022＜18＞
製品名：FastGene™ RNA Premium Kit（Cat.No.FG-81006、FG-81050、FG-81250）
　　　　FastGene™ miRNA Enhancer（Cat.No.FG-RNAE-S、FG-RNAE-25）
メーカー名：FastGene™

下記のデータは、社会医療法人大雄会医科学研究所菊池有純様のご厚意により掲載させて頂きました。

背景

microRNA（miRNA）は、18から25塩基程度の非常に小さな1本鎖RNA分子で、遺伝子発現の調整に影響を与えることが知られています。
とくに近年では次世代シーケンサーを利用したmiRNAの発現量の比較やターゲット遺伝子の予測などの解析が進んでおり、癌などの疾患とも密接に関わっているため、各種疾患や生命現象のバイオマーカーとして注目されています。
FastGene™ miRNA Enhancerは、市販のカラム法を用いたRNA抽出キットと組み合わせることによって、miRNAの効果的な回収が可能となります。
本実験ではFastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerを組み合わせて抽出したmiRNA（DNase I処理あり）と、既存のmiRNA抽出用Kitを用いて抽出したmiRNAをそれぞれ次世代シーケンサーにて解析し、解析結果を比較しました。
得られたmiRNAが次世代シーケンサーでも問題なく解析が可能であった事例としてご参照ください。

評価方法

結果

Sample	Reads	Bases	Error rate	Q20	Q30	GC content
FG_No 1	3130470	0.16G	0.01%	99.03%	96.54%	49.55%
FG_No 2	2751048	0.14G	0.01%	99.34%	97.41%	49.92%
HP_No 1	2471473	0.12G	0.01%	99.29%	97.26%	50.34%
HP_No 2	3180142	0.16G	0.01%	99.28%	97.19%	50.27%

miRNA配列長の分布

まとめ

mature miRNAの塩基長（20-25 nt）を含む、低塩基数のmiRNAを検出できたことから、FastGene™ RNA Premium KitとFastGene™ miRNA Enhancerの組み合わせで、miRNAの塩基長が抽出できていることが証明され、また、次世代シーケンサーにて解析できることがわかった。