FFPEサンプルから抽出したDNAのNGS解析に最適なワークフローを実現

FFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋）サンプルから抽出したDNAの品質チェックができるKAPA NGS FFPE DNA QC Kitが新発売！こちらはKAPA Human Genomic DNA Quantification Kit（2022年6月販売終了）の後継品となります。
同時に、DNAを抽出するためのKAPA NGS DNA Extraction Kitと脱アミノ化されたシトシンを除去するためのKAPA NGS FFPE DNA Polishing Kitが発売されます。
今回発売となる3つのキットで、FFPEサンプルからのDNA抽出・クオリティチェック・脱アミノ化シトシン除去を一連のフローで実施が可能となります。

この記事でご紹介した製品

KAPA NGS DNA Extraction Kit

製品特長

新しく開発された耐熱性proteaseを使用し、10 µmのFFPE切片1-2枚からDNAを抽出します。
脱パラフィンによく使用されるキシレンは使用しません。
精製にはKAPA HyperPure Beads（別途ご用意ください）を用い、カラムを使用しません。
KAPA HyperPETE Somatic Tissue DNA Workflowで使用します。

製品情報

CatNo.	製品名	単位	価格（税抜き）
09189823001	KAPA NGS DNA Extraction Kit	24 rxn	¥12,000
09190023001	KAPA NGS DNA Extraction Kit	96 rxn	¥36,000

※価格は2022年4月現在のものです。
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KAPA NGS FFPE DNA QC Kit

製品特長

FFPE サンプルから抽出したDNAの品質を、Q-scoreとして評価できるDNA Quality control (QC)キットです。
算出したQ-scoreは、KAPA HyperPETE Somatic Tissue DNA Workflowにおいて、最適なインプットDNA量を算出するために使用します。
Q-scoreは、qPCRを用いてDNA上の長短２種類の領域（191 bp、66 bp)の量比を算出した値です。その値は、0から1で評価され、値が１に近いほど、DNAの品質が高いことを意味します。
評価に使用する使用量はわずか1 µLであり、サンプル全体のわずか１/40しか使用しません。

製品情報

CatNo.	製品名	単位	価格（税抜き）
09217193001	KAPA NGS FFPE DNA QC Kit	24 rxn	¥72,000

※価格は2022年4月現在のものです。
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KAPA NGS FFPE DNA Polishing Kit

製品特長

FFPE検体として保存されていたサンプルのDNAは、脱アミノ化により、シトシン（C）からウラシル（U）への塩基置換が起こる場合があります。この置換により生じたUは、PCRに伴いT 変換されるため、C>T（もしくはG>A）シーケンスエラーの原因となり、バリアントコールする際のノイズになります。KAPA NGS FFPE DNA Polishing Kitは、このウラシルを有するDNAを酵素を用いて除去、分解するキットです。これにより、FFPE検体でみられる脱アミノ化シトシン由来のアーティファクトを軽減します。