【お客様事例】KAPA HyperPure Beadsを使用した ライブラリー精製法でのナノポアシーケンスの評価試験

日本ジェネティクスのアプリケーションノートとは？

• 当社製品を実際にご使用頂いた、正真正銘、日本国内の研究者様による評価データ
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下記のデータは、信州大学 繊維学部 応用生物科学科 田口 悟朗 様のご厚意により掲載させていただきました。

背景

Oxford Nanopore Technologies社のMinIONを使用したシーケンスはUSBでPCにつながる小型シーケンサーとして関心が高く、ロングリードのシーケンスが取得できる装置として注目を集めている。
ロングリードのライブラリーを作成する際、ライブラリーをせん断する事なく精製を行う工程も非常に重要となるが、ナノポア社のライブラリー調製キットには精製時に使用するビーズは含まれておらず、専用のプロトコールでは別途他社のビーズを使用する事が推奨されている。
本アプリケーションノートでは、ビーズ精製の操作工程を変える事なく精製用のビーズをKAPA HyperPure Beadsに置き換えても使用できるか、また、作成したライブラリーで得られたシーケンスに問題がないか検証を行った。

評価方法

実験方法

ライブラリー調製ワークフロー

ライブラリー調製に使用したインプット量：1 μg

結果

DNA抽出結果

植物Aから抽出したゲノムDNAは、アガロース電気泳動で、若干断片化が進んでいることが確認された（レーン①）が、もとのサンプルの状態に起因すると判断して、SREによるサイズセレクションを行った。
その結果、短いフラグメントの大部分が除去され、10 Kbp以上である事が確認された。（レーン②）。

0.7%アガロースゲル電気泳動によるサイズセレクション結果の確認

ライブラリー調製結果

Nanopore Sequenceの結果

24時間のrunで推定8.23 Gbのシーケンスが得られ、リード数は920 k、推定のN50は19.73 Kbpであった。
Run summary

Nanoporeのライブラリ調製には、そのまま使用できるので便利でした。
DNAの濃縮も試してみましたが、想定どおりの収率でDNAを回収できました。
操作も簡便なので、特に貴重なDNAサンプルの回収で効果を発揮すると思います。

補足

ビーズ精製① KAPA HyperPure Beadsを使用した精製Protocol

ビーズ精製② KAPA HyperPure Beadsを使用した精製Protocol

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