カスタマーレビュー探検隊(KAPA HyperPrep / Plus Kit 編)

KAPA HyperPrep Kit & KAPA HyperPlus Kitのカスタマーレビューに注目!

お客様のカスタマーレビューから商品の性能や使用感をご紹介するこのシリーズ、第7回目の今回は、次世代シークエンス用ライブラリー調製キット KAPA HyperPrep Kit & KAPA HyperPlus Kitです。
(第1回:FastGene™ミドリグリーンXtra 編はこちら
(第2回:FastGene™ Scriptase II 編はこちら
(第3回:FastGene™ ミドリグリーン Advance アガロースタブレット 編はこちら
(第4回:FastGene™ ポリアクリルアミドゲル 編はこちら
(第5回:FastGene™ Q-Stain 編はこちら
(第6回:FastGene™ RNA精製キット 編はこちら

KAPA HyperPrep Kit & KAPA HyperPlus Kitは作業の大幅な簡略化と時間短縮を可能にする、NGS(次世代シークエンス)ライブラリー調製キットです。
超微量のサンプルから高効率・高精度なライブラリーの調製が可能で、皆様から圧倒的な支持を頂いています。大絶賛のレビューを本記事でじっくりご紹介いたします。
その前に、まずは簡単に製品のご説明から。

KAPA HyperPrep
KAPA HyperPrep / Plus Kitの特長
KAPA HyperPrep Kit
  • 微量DNAサンプルからのライブラリー調製に最適。 “1ng~”
  • サンプル調製時間の短縮 “Total 2~3時間” (従来:約5時間)
  • 新組成バッファーによるライゲーション効率の更なる向上により、インプットサンプル”100ng~”の”PCRフリーライブラリー調製”が可能に。
  • 全ゲノムシークエンス、ターゲットシークエンス、ChiP Seqなどの微量インプットサンプルに対応
  • ハイフィデリティーエンジニア酵素(KAPA HiFi)による増幅バイアスの低減でシークエンスカバー率を向上
KAPA HyperPlus Kit
  • 「断片化装置フリー」:断片化酵素を含んでおり、自動化にも最適
  • 約2.5時間での “DNA断片化とライブラリー調製”
  • 1ng~1μgで自在のDNAサンプルインプット量
  • 限界まで減らしたビーズ精製ステップ
  • PCRフリーのワークフローが可能に
  • 増幅バイアスの低減でシークエンスカバー率を向上

製品ページ

詳しい情報を製品ページでご紹介しています。

カスタマーレビューをご紹介!

大好評のこちらの製品、たくさんのレビューを頂いております。貴重なカスタマーレビューをピックアップしてご紹介させていただきます。
また、お客様のご協力により作成されたアプリケーションノートもぜひ併せてご覧ください!

KAPA HyperPrep Kitへのカスタマーレビュー

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

再現性よくライブラリーの構築が可能でしたので、幅広い分野に活用できるかと思います

我々の扱うサンプルは、DNA濃度が測れないような環境試料が殆どです。キットの適応下限を切る、このような試料でもどうにかしてショットガンメタゲノム解析が出来ないかと思ったことが始まりでした。
10pg以上のDNAがあれば、アダプターの濃度とサイクルを変更することで、あとは全く同じプロトコルで、再現性よくライブラリーの構築が可能でしたので、幅広い分野に活用できるかと思います。
この実験系では、いかにラボコンタミネーションを軽減するか、DNAをなくさないかが重要ですので、是非その点に気をつけて研究を行っていただければと思います。

お客様アイコン国立研究開発法人海洋研究開発機構
海洋生命理工学研究開発センター 生命機能研究グループ
平井 美穂様・高木 善弘様

アプリケーションノート
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「超微量な深海・海洋環境DNA(1pg)からのショットガンメタゲノムライブラリー調製」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

KAPA HyperPrep Kit のライブラリー構築の効率の良さは、驚くべきものでした

臨床データの豊富さや希少疾患(腫瘍)への解析のため、FFPEサンプルのNGS解析が、今後、求められています。
また、臨床シークエンスへの展開を考えた場合、過去の生検標本など微量なFFPE 標本からのDNAに対するNGS解析に適した方法の確立が必要になります。
FFPE 標本からのDNAは、PCR duplicationが非常に多く(時には50%以上)、データの質も悪いから、、、と敬遠しておりましたが、KAPA HyperPrep Kit のライブラリー構築の効率の良さは、驚くべきものでした。
KAPA HyperPrep Kit は、FFPEを用いての臨床シークエンスの手法に大きなインパクトをあたえることは間違いありません。
特に、臨床シークエンスを考えた場合、生検のFFPEしか癌組織がないような状況が多々あり、KAPA HyperPrep Kit だと、 生検のFFPEの数スライスからのDNA(50-100ng程度)でも効率よくNGSライブラリーの構築ができる可能性があるので、非常に有望です。

お客様アイコン 理化学研究所 統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム
中川 英刀 様・前嶋 和紘 様

アプリケーションノート
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「アジレント・テクノロジー社SureSelect XTターゲットエンリッチメントシステムを用いた、微量FFPEゲノムDNA(50ng)からのエクソームシークエンシング」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

多検体を処理する際にも抵抗なく作製が可能である

本製品は1ngの鋳型より作製が可能という点と、試薬構成がシンプルなため簡便に反応を進めることができる点が魅力である。
そのため多検体を処理する際にも抵抗なく作製が可能である。
今回のケースでは微量の鋳型からシーケンスを行うための十分なライブラリー量を作製でき、de novo assembly に必要量の高品質データを得ることができた。

お客様アイコン 公益財団法人かずさDNA研究所 技術開発研究部 ヒトDNA解析グループ
渡辺 崇 様

アプリケーションノート
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「微量RNA(無脊椎動物由来10pg total RNA)の効果的なRNA-Seq ライブラリー作製法」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

非常に低濃度かつ状態の悪いDNAからもライブラリーを作成することができた

非常に低濃度かつ状態の悪いDNAからもライブラリーを作成することができたため、エインシェントDNAのライブラリー作成にも有効ではないかと考えられる。
Covarisを使ったため、断片化したDNAのロスが大きいため、ここを解決する必要があると思われた。

お客様アイコン 東京農業大学 生物資源ゲノム解析センター
石毛 太一郎様

アプリケーションノート
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「長期間エタノールに浸漬されたマメジカの耳片からのMtDNAの配列決定」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

工程の単純化と精度の担保と向上を同時に達成した良いキットだと思います

KAPA社の前キットも酵素の安定性など優れた点が多かったですが、精製工程が多く、one-tubeで反応が完了するキットが一部他の会社から売りだされるなど、もっと単純化されることが望まれていました。
KAPA HyperPrep kitは、工程の単純化と精度の担保と向上を同時に達成した良いキットだと思います。
KAPA社は、安全マージンを多めにとってプロトコルを出しているため、1ng以下の微量におけるデータがありませんでしたが、我々が確かめたところ微量領域においても高いライブラリー変換効率を保つことが確かめられました。
最適化プロトコルは我々のラボWebサイトからダウンロードできます。少ない工程で、液を上から足していけば達成できるので、大多数のユーザーにとってファーストチョイスになると思いました。

お客様アイコン 理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
笹川洋平 様

アプリケーションノート
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「微量なdsDNA(10-1,000pg)を用いたKAPA HyperPrep Kit ライブラリー調製プロトコールの最適化(LIMprep2)」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

精製ステップが少なく、時間と手間が省け、簡便であった

KAPA HyperPrep Kitは精製ステップが少なく、時間と手間が省け、簡便であった。
また、ライブラリー増幅用酵素KAPA HiFi HotStart ReadyMixは、増幅バイアスが抑えられるため、もともとライブラリーの増幅用に使用していたが、今回得られたデータでもバイアスが 低く抑えられていた。
また増幅効率が良いためライブラリー増幅の際のサイクル数をさらに減らすこともできる。
今後、より少ない試料からのライブラリー作成が行えることを期待している。

お客様アイコン東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻 動物発生学研究室
熊谷 真彦 様・武田 洋幸 教授

アプリケーションノート
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「10^5個のメダカ胚由来細胞を用いた in situ Hi-C Seq」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

断片化されたcfDNAからも効率よくライブラリを構築することができ、少ないinput量でも10サイクル以下のPCRでキャプチャに十分な量のライブラリが得られたことには驚きました。

がんゲノム解析に主に用いられる凍結組織サンプルの場合と異なり、血漿サンプルから得られるcfDNAは通常数十ngと微量であり、さらに高度に断片化されているため、最低でも200 ngの質の良いDNAを必要とするSureSelect Target Capture systemによるターゲットシークエンスを行なうことはこれまで極めて困難でした。KAPA HyperPrep Kitを用いることにより、断片化されたcfDNAからも効率よくライブラリを構築することができ、少ないinput量でも10サイクル以下のPCRでキャプチャに十分な量のライブラリが得られたことには驚きました。今 回 のSureSelectカスタムパネルの ようにターゲット遺伝子を限定することで低コストでdeep sequencingを行なうことも可能であり(今回の検討では平均で1000x以上)、cfDNA中に低頻度に存在するがん由来DNAの変異も検出することができると考えられます。

お客様アイコン 国立がん研究センター 研究所 がんゲノミクス研究分野
谷内田 真一 様・髙井 英里奈 様

アプリケーションノート
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「アジレント・テクノロジー社SureSelect XT Target Enrichment Systemを 用いた膵臓がん患者由来cfDNA(5-50ng)からのターゲットシークエンシング」

★★★★☆ 4.0 2019年09月02日

価格も安価で非常に使いやすい

少量サンプルからでもうまくできた
初めてのNGSだったが、少量サンプルからでもうまくライブラリー作製できた。
簡便でよい。
もう少し価格が安いとよい。

お客様アイコン TM 様

 

KAPA HyperPlus Kitへのカスタマーレビュー

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

近縁種間で転用可能なSSRマーカーを迅速かつ大量に開発する上で非常に有効な手段であることを実感しました

KAPA HyperPlus Kitはライブラリ作成効率が非常に良く、わずかなDNA量であっても全ゲノムシーケンスが可能であるため、近縁種間で転用可能なSSRマーカーを迅速かつ大量に開発する上で非常に有効な手段であることを実感しました。

お客様アイコン 株式会社ファスマック 勝又 啓史 様
京都大学大学院 人間・環境学研究科 瀬戸口研究室 山本 将也 様

アプリケーションノート
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「KAPA HyperPlus Kitを用いた植物サクラソウの全ゲノムシーケンス」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

量に限りがあるサンプルのシーケンスに、とても有効だと感じました

KAPA HyperPlus Kit は、ライブラリ作製効率が非常に良いので、今まで DNA 量に限りがあってシーケンスが不可能だったサンプルでも PCR-free のライブラリ作製が可能になりました。
量に限りがあるサンプルのシーケンスに、とても有効だと感じました。
これまで PCR-free のゲノムショットガンライブラリ(de novo ゲノム解析)を作製するには μg スケールのDNA が必要でしたが、KAPA HyperPlus Kit では 数百 ng の DNA があれば十分になり、必要量が従来の1/5-1/10量位になった ということを強く実感しました。
また、断片化装置が不要であり、ライブラリ調製過程の精製が最小限で済むので、ロボットを使用したライブラリ作製にも取り入れやすいです。

お客様アイコン 沖縄科学技術大学院大学(OIST)DNA シーケンシングセクション 神田 美幸 様

アプリケーションノート
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「KAPA HyperPlus KitによるPCRフリー、断片化装置フリー、磁性ビーズほぼフリーのライブラリーの作製実例」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

微量な初発量からでも安定してライブラリが作成できた

1. TapeStationでの可視化が困難なため多めの量でこの試験は行っているが、SMART-Seq v4でのライブラリ調製や1ngからのサンプル調製からもわかるように、微量な初発量からでも安定してライブラリが作成できた。
2. DNAのGC含量や配列の特徴によって切断時間はある程度変動があるが、基本的に同じDNAを使えば時間に比例して任意の長さの断片が得られた。ただし、Covarisの方が目的断片の量はやや多く得られる印象。個人的にはゲノムなど長さがCriticalな場合にはCovarisが第一選択肢になる。一方、RNA-Seq(定量目的)の場合は長さは一定以上あれば特に問題なく、非常に多検体を扱うため、そういった場合にはHyperPlusが明らかに第一選択肢になる。
3. 酵素法のため、サンプルを並列処理でき、Covarisに比べて圧倒的に作業が楽で効率が良い。
4. 他社のKitはアダプターライゲーション反応が10μl程度などの少量で行うものが多いが、KAPAはFragmentationの段階から50μlで、反応系縮小の余地がある。これは微量サンプルを扱う時に非常に有利(1/5反応系だと実質濃度を5倍あげられる)であり、大変経済的である。
5. ある程度収量を得る事を考えると、最後のPCR増幅だけは1/5までは反応系を下げられない。しかし、この段階はPCR用Illuminaアダプターに対応した自作オリゴとKAPA HiFi HS Ready Mixを使うことで安く増幅ができることを確認(他社酵素ではうまくいかなかった)
Primer-1 AATGATACGGCGACCACCGAGA
Primer-2 CAAGCAGAAGACGGCATACGAG OPC精製 (Eurofins)

お客様アイコン 慶應義塾大学 先端生命科学研究所
荒川 和晴 様

アプリケーションノート
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「酵素による断片化方法を含むKAPA HyperPlus Kitを用いたライブラリ作製方法の検討」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

ヒトの多くの疾患を対象とした全ゲノム解析あるいはエキソーム解析で、最も頻繁に用いられているライブラリ調製キットである

KAPA HyperPlus kitはヒトの多くの疾患を対象とした全ゲノム解析あるいはエキソーム解析で、最も頻繁に用いられているライブラリ調製キットである。 今回のシングルセルエキソーム解析にも、微量からのライブラリ調製、という点で非常に優秀な性能を明らかにしたと考えている。

お客様アイコン 東京大学大院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 生命システム観測分野
関真秀 様・鈴木穣 教授

アプリケーションノート
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「C1システム・Bravo・KAPA HyperPlus Kitを用いた全自動single cell DNA ライブラリの作製」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

断片化からライゲーションまでone-tubeで行えるように設計されているため、自動化への親和性が高い

濃度がまちまちな96本のDNAサンプルからそれぞれ同じDNA量を採るためにExcelで液量を計算していた時に、このデータをそのままQIAgilityに読み込ませれば自動化できると気づいたことがきっかけです。
DNA量がそろってしまえばあとは試薬を加え、シールしてサーマルサイクラーにかける作業を繰り返すだけなので簡単です。
多サンプルでは時間と労力を大幅に低減できるのでもちろんですが、サンプルが少ない場合でも安定性と再現性の良さからQIAgilityを使用するようになりました。
これまでのライブラリ作成では、DNA断片化をPCRチューブで行うことができないため、酵素反応でチューブフォーマットを変更する必要があったのに対し、KAPAHyperPlusキットは断片化からライゲーションまでone-tubeで行えるように設計されているため、自動化への親和性が高いことが特徴です。このため、今回ライブラリ作成の自動化が実現したのはKAPAHyperPlusKitの存在に依るところが大きいです。

お客様アイコン 沖縄科学技術大学院大学(OIST)DNA シーケンシングセクション
新垣 奈々 様・小柳 亮 様

アプリケーションノート
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「KAPA HyperPlus Kitを用いたQIAgility全自動ライブラリ作製」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

効率的なライブラリー調製を行うことができました

腸内細菌叢解析の実験の始めるときにDNAの断片化用の機器が手元になかったため、酵素で断片化処理が可能なKAPA HyperPlus Kitを選択しました。
KAPA HyperPlus Kitは、サーマルサイクラー上で多検体のライブラリーを同時に調製でき、8連チューブまたは96穴PCRプレート対応のマグネットを使用することにより、効率的なライブラリー調製を行うことができました。
また、以前に、他社断片化酵素を用いてライブラリを作製した際には、読み始めの配列に偏りが生じ、十分な解析結果が得られませんでしたが、KAPA HyperPlus Kitを用いることにより、解析に十分な結果を得ることができました。

お客様アイコン 東京大学医科学研究所 システム免疫学社会連携研究部門
佐藤 毅史 様・木村 恭将 様

アプリケーションノート
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「KAPA HyperPlus Kitを用いた腸内細菌叢の全ゲノムショットガンシークエンス解析」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月07日

特殊なDNA断片化装置や自動液体分注機や核酸精製機を研究室に導入することなく、簡単に実験に取り入れることができました

KAPA HyperPlusは酵素処理による断片化をベースとしてシンプルなワークフローで構成されているので、特殊なDNA断片化装置や自動液体分注機や核酸精製機を研究室に導入することなく、簡単に実験に取り入れることができました。
本製品は、反応条件をアレンジした際にも安定したデータを産出してくれるので、反応液量を節約することでお財布に(比較的)優しいシーケンスライブラリ調製が可能です。また、ライブラリ作製に不慣れな初心者が導入する際にも本製品はオススメできると思います。

お客様アイコン 早稲田大学 ナノ・ライフ創新研究機構 細川 正人 様

アプリケーションノート
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「KAPA HyperPlusキット改変プロトコルを用いた微量RNA(50pg)・シングルセル相当RNAからのライブラリ作製」

 

★★★★★ 5.0 2019年06月10日

あまりにも簡単に、均一なDNA断片化ができたので感動しました

NGSライブラリのためのDNA断片化において、物理的な断片化方法も考えましたが、元のDNAの量やサイズがバラバラだと、この方法では常に同じサイズに揃えるのは難しい。
酵素を用いた容易な断片化法を求めていたところ、KAPA Frag Kitがあったので早速試しました。
元のDNAの長さが数キロだろうがゲノムだろうがほぼおなじ条件でよいようなので、条件検討は反応時間の確認だけで済みました。
あまりにも簡単に、均一なDNA断片化ができたので感動しました。

お客様アイコン 国立研究開発法人 国立がん研究センター 研究所 エピゲノム解析分野
ユニット長 山下 聡 様

アプリケーションノート
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「KAPA Frag酵素による安定的な目的サイズ分布を示すDNA断片化 ~Ion Protonでのsingle cell RNA-Seq用ライブラリー調製におけるcDNAの断片化方法~」

 

皆様のレビューをまとめると・・・

KAPA HyperPrep Kitについて

●超微量のサンプルから再現性よくライブラリーの調製ができた ●驚異的な効率のよさ
●シンプル・簡便 ●精度が高い
●時間と手間が省ける  

KAPA HyperPlus Kitについて

●高効率で微量のDNAから全ゲノムシーケンスが可能 ●非常に優秀な性能。最も頻繁に用いられているライブラリ調製キットである。
●自動化への親和性が高い ●酵素で断片化処理が可能。装置や機器の導入を省ける

などのお声を頂いております。

編集部
絶賛の嵐!製品の性能の高さはお客様が一番よくご存じです!!
たくさんの貴重なご意見をお寄せいただきました事、心より感謝申し上げます。
大評判のこちらの製品、ご興味をお持ちの方は是非下記リンクよりお問合せください。

そして実際にご使用になられた感想をどうぞレビューへお寄せください。
お待ちしております。

 

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