【新発売】KAPA HyperCapture用パネルに新製品が登場!

KAPA HyperCapture用Heredity panel & Oncology panel

KAPA HyperCapture用パネルは、ターゲットエンリッチメント研究アプリケーション用のカタログ遺伝子パネルです。関連するコンテンツに素早くアクセスでき、シーケンス効率を向上させます。この度、Heredity panelとOncology panelの2製品が新たに発売されました。

この記事で紹介した製品

KAPA HyperCap Heredity panel

遺伝性疾患プロファイリングなどに使用するKAPA HyperCapture用Heredity panel。本製品を用いることで、Roche技術者によって厳選されたターゲットを、均一的かつ低い重複率で、効果的にシーケンスすることができます。

製品特長

厳選されたターゲット(パネルデザイン)
  • 遺伝性疾患や遺伝性腫瘍に関わる3,332遺伝子に加え、ClinVarにpathogenic またはlikely pathogenicで登録されている遺伝子バリアントをカバー
  • シーケンス効率を上げる10 Mb以下のコンパクトデザイン
効率的なシーケンス
  • ライブラリー作製キットKAPA HyperPrepもしくはKAPA HyperPlus Kitsを使用するKAPA HyperCapワークフローに対応
  • 自動化にも対応可能
  • 高い特異性(On-targetリードは80.9%)と高い均一性(Fold-80 base penaltyは1.42)および低いPCR重複率(2.2%)という、バランスの取れたパフォーマンスを実現
  • シーケンス効率を最大化(ターゲット塩基の98.5%を30xでカバーし、平均カバレッジは92.6 xを達成)

 

KAPA HyperCap Heredity Panelを使用したターゲットシーケンスでのパフォーマンス

100 ngのgDNA (coriell cell lines)からKAPA HyperPlusを使用したライブラリー調製を行い、8プレックスのプレプールキャプチャーを2回実施した。最終的なライブラリーはNovaSeq™ 6000システムでシーケンスを行い、解析前に10M のHQフィルタークラスター(2×100 bp)にダウンサンプリングした。
左図:左より、リードのオンターゲット率、平均カバレッジ、30x以上で読まれた割合
右図:左より、PCR duplicateの割合、Fold-80 base penalty

CatNo. 製品名 単位 価格(税抜)
9462473001 KAPA HyperCap Heredity panel 12 rxn 12反応 ¥290,000
9462481001 KAPA HyperCap Heredity panel 24 rxn 24反応 ¥520,000
9462490001 KAPA HyperCap Heredity panel 48 rxn 48反応 ¥900,000
9462503001 KAPA HyperCap Heredity panel 96 rxn 96反応 ¥1,650,000
9462511001 KAPA HyperCap Heredity panel 192 rxn 192反応 ¥3,150,000

※価格は2022年1月現在のものです。

 

KAPA HyperCap Oncology panel

がんゲノムプロファイリングなどに用いるKAPA HyperCapture用Oncology panel。腫瘍の体細胞遺伝子研究で使用される13の遺伝子などをターゲットにした総サイズ214 kbの領域をカバーするハイブリダイゼーションキャプチャー用パネルです。

製品特長

パネルデザインと用途
  • 腫瘍の体細胞遺伝子検査で用いられる13の遺伝子(ATM、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CHEK2、EGFR、ERBB2、KRAS、MET、MYCN、RAD51C、RAD51D、 TP53)をカバー
  • 67個の関連遺伝子に存在する変異ホットスポットもカバー
  • 様々な用途で使用可能:体細胞遺伝子変異研究のためのカタログパネルとして。カスタムパネルを使う前のパフォーマンス評価に。プロセス評価用パネルとして
低品質なFFPETサンプルからも精度の高いシーケンスが可能
  • FFPETサンプル由来のDNAからの専用のプロトコール(KAPA HyperCap FFPET DNA ワークフロー)が利用可能
  • KAPA HyperCap FFPET DNAワークフローでは、分⼦バーコードKAPA Universal UMI (Unique Molecular Indexes)Adapterとライブラリー作製キットKAPA HyperPlus Kitを使用し、少量・低品質のFFPET DNAサンプルからでも精度の高いシーケンスを実現
10 ngのcfDNAからのディープシーケンスを実現
  • 血漿サンプル由来のDNA(cell-free DNA, cfDNA)からの専用のプロトコール(KAPA HyperCap cfDNA ワークフロー)が利用可能
  • KAPA HyperCap cfDNAワークフローのライブラリー作製にはKAPA HyperPrep Kitを使用し、分⼦バーコードKAPA Universal UMI Adapterによるディープシーケンスを実現

 

FFPE DNAサンプルをKAPA HyperCap OncologyPanelで使用したシーケンス結果

2つの臨床検体由来のFFPE DNAサンプル(低品質DNA)及び高品質FFPE DNAサンプル(Horizon™ HD789)のシーケンスメトリクスを比較した結果。いずれのサンプルからも10 ng FFPE DNAからライブラリーを調製した。NextSeq™ 550システムでシーケンスし、10 M のHQフィルタークラスター(2 x 150 bp)にダウンサンプリングして解析を行った。

左よりそれぞれ、% bp >100(100x以上のカバレッジで読まれた塩基の割合)、% bp in 0.5x – 2x of median(カバレッジの中央値の0.5x〜2x以内で読まれた塩基の割合)、% exon bp >300x(300x以上のカバレッジで読まれたエクソン領域の割合)、% error-free positions(エラーでない塩基の割合)。低品質なFFPETサンプルからもエラーが少なく(『Error-free position』 94%以上)、均一かつ深度の深いシーケンス(『%bp in 0.5x–2x of median』>92%かつ『% exon bp>300x』>88%)が達成されていることが示されている。

CatNo. 製品名 単位 価格(税抜)
9462384001 KAPA HyperCap Oncology panel 12 rxn 12反応 ¥180,000
9462457001 KAPA HyperCap Oncology panel 24 rxn 24反応 ¥300,000
9462465001 KAPA HyperCap Oncology panel 48 rxn 48反応 ¥530,000

※価格は2022年1月現在のものです。

 

この記事で紹介した製品

KAPA HyperCap Heredity panelの詳細・価格はこちら

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