数百～数万個の細胞遺伝子発現プロファイルを個々の細胞で解析可能に！
この度、日本ジェネティクスのNGS受託解析サービスに「シングルセルシーケンス」が新たなラインナップとして加わりました。
本サービスの概要や流れについて詳しくご紹介します。お気軽に弊社までお問い合わせください。
シングルセルシーケンス
サービス概要
10x Genomics社のChromium Systemおよび、Illumina次世代シーケンシングプラットフォームを用いることで、シングルセルシーケンスのソリューションを提供いたします。
本サービスでは、数百から数万個の細胞遺伝子発現プロファイルを個々の細胞で解析することが可能となります。
サービスのポイント！
- シングルセルのレベルで発現を解析可能！
従来法では細胞はまとめて処理をして解析していましたが、シングルセルシーケンスでは1細胞ごと発現解析が可能となります。 - 新鮮な細胞で解析可能！
お客様のラボにChromium Controllerを持ち込み、シングルセルのキャプチャーからcDNA合成まで行います。良好な細胞状態からの解析が可能です。
サービス仕様
- シーケンシング：illumina NovaSeq 6000/PE150
- 納品データ：fastqファイル形式
- 納品方法：データダウンロード（100 Gb未満）
ライブラリー調製方法
- 10x Genomics Chromium System を用いてシングルセル化
- Chromium Single Cell 3’ Kitによる逆転写およびライブラリー調製
サービスの流れ
※本サービスは事前面談が必須となっております。お気軽に、弊社までお問い合わせください。
サンプル要件
培養細胞株もしくは組織から調製された、シングルセル状態の細胞/懸濁液の状態でご用意ください。
- 細胞数：700～1,200 cells/µL、Total細胞数 10^4 cells以上＊
- 細胞生存率：>90%推奨（最低でも>80%）
- 細胞直径： 40 µm 以下
＊実際にシーケンスされる細胞数は ～8,000 cells程度
データ解析
Cell Ranger解析（本受託サービスに含まれます）
- デマルチプレクス、サマリーメトリクス（シーケンスの品質、検出された細胞数、細胞あたりの平均リード数、細胞あたり検出された遺伝子の中央値など）、ゲノムへのアライメント、遺伝子発現の定量化、発現プロファイルが類似している細胞をグループ化するクラスタリング解析、クラスタ間の発現差解析可視化
標準解析（追加解析オプション）
- デマルチプレクス、シーケンスデータの処理と品質管理、ゲノムとのアライメント、細胞のコールとUMIのカウント、品質管理サマリーメトリクス（Cell Ranger/STAR）
- 高変性遺伝子（HVGs）の同定、細胞サブポピュレーション同定、主成分分析（PCA）、細胞のクラスター同定、次元削減と可視化、マーカー遺伝子検出（クラスター間差分発現解析）（Seurat）
- 各種エンリッチメント解析（GO、KEG、パスウェイ、リアクトーム）、転写因子の機能アノテーション、蛋白質間相互作用ネットワーク解析（Cluster Profiler等）
納期（解析なしの場合）
- 出張解析（シングルセル調整後） 8週間～
シングルセルシーケンス サービス価格
| Cat.No. | メニュー | 単位 | 価格（税抜） |
|---|---|---|---|
| NV-SCRNA | シングルセルシーケンス （解析パッケージ 120 Gb） |
一式 | ¥798,000 |
| NV-SCRNABI | 標準解析 （追加解析オプション） |
一式 | ¥50,000 |
| NV-DDL | データダウンロード費用（100 Gb単位） | 一式 | ￥6,000 |
| データ納品 | |||
| NV-1TBHDD | HDD納品（1 TB） | 一式 | ¥18,000 |
※価格は2023年4月現在のものです。
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シングルセルシーケンス解析サービスの詳細については、下記製品ページをご覧ください。
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