【製品性能評価】FastGene™ mini-elute columnと他社クリーンナップキット mini-elute columnの性能評価

日本ジェネティクスのテクニカルノートとは?

発売したばかりの新製品の性能評価や、既存製品の最適な条件を追求するための条件検討をすることでお客様に心からご納得頂いた上で商品をお使い頂けるよう、様々な評価試験を行っています。
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テクニカルノート2017<04>
評価製品:FastGene™ RNA Premium kitのmini-elute column

目的

FastGene™ RNA Premium kitのmini-elute columnがRNAをどの程度の量まで濃縮できるか評価した。
また、他社RNA mini-elute columnと比較することにより、性能の比較評価を行った。

背景

FastGene™ RNA Premium kit のgDNA 除去ステップは、他社RNA 精製キットと異なり、溶液中で行う反応です。これにより、除去効率は向上・安定しました。(Technical data sheet 2017〈02〉)
溶液中で酵素反応を行ったサンプルは、mini-elute column を使用して精製しますが、弊社では、本精製時に溶液の液量を減らすことができれば、mini-elute column を「濃縮カラム」としても使用できると考えました。
そこで、抽出したRNAサンプルをmini-elute column を使用して精製・濃縮することにより、回収率・濃縮効率を評価し、他社mini-elutecolumnとの性能比較を行いました。

実験条件

RNAインプット量
RNAインプットボリューム
溶出量
 

 
 
比較キット 
吸光度測定 
:1 μg , 10 μg (n=3)
:50 μL で統一
:10 μL (他社 最小量)
 14 μL (他社 標準量)

 20 μL
 50 μL (FastGene™ 標準量
:他社 微量溶出クリーンナップキット
:Implen NanoPhotometer P330
[ 評価ポイント]
• 溶出容量
• 溶出濃度
• 回収率

ワークフロー

結果

■ 溶出容量の結果

RNAインプット量 : 1 μg RNAインプット量 : 10 μg
回収容量は、概ね同様の傾向を示した。


■ 溶出濃度の結果

RNAインプット量 : 1 μg RNAインプット量 : 10 μg
FastGene™ mini elute columnは、溶出量に比例した濃縮ができたのに対して、他社製品は10 μL では14 μLと同程度にしか濃縮ができなかった。


■ 回収率の結果

回収率[%]  elute RNA量[ng] 
Input RNA量[ng]
×100
RNAインプット量 : 1 μg RNAインプット量 : 10 μg
FastGene™ mini elute column は全て同様の回収率を示した。 他社は、溶出容量が少なくなると、回収率も下がった。
[Conclusion]
RNAインプット量 : 1 μg  RNAインプット量 : 10 μg
溶出容量 [μL]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 9.35 13.62 19.14 47.13
FastGene™ 8.51 12.45 18.73 49.87
溶出容量 [μL]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 9.75 13.68 19.69 48.20
FastGene™ 8.57 12.21 18.06 47.53
溶出濃度 [ng/μL]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 65.07 66.93 51.07 21.60
FastGene™ 101.33 76.80 47.07 21.33
溶出濃度 [ng/μL]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 640.00 597.33 446.00 140.67
FastGene™ 967.33 728.00 491.33 210.00
溶出量 [μg]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 0.61 0.91 0.98 1.02
FastGene™ 0.86 0.96 0.88 1.06
溶出量 [μg]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 6.24 8.17 8.78 6.78
FastGene™ 8.29 8.87 8.88 9.98
回収率 [%]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 60.59 91.17 97.75 101.79
FastGene™ 86.08 95.62 88.13 106.38
回収率 [%]
  10 uL 14 uL 20 uL 50 uL
他社 62.38 81.71 87.83 67.75
FastGene™ 82.93 88.71 88.79 99.82
まとめ
FastGene™ mini-elute columnは、RNAを10-50 μLの溶出量で濃縮できた。
 

FastGene™ RNA Premium Kit
培養細胞および組織等からのトータルRNA の精製とゲノムDNA 除去

 

【 特長 】

• DNase I 酵素、プレフィルター、微量溶出容量カラム全てが入った新しいコンセプトのキット
• DNA感受性が極めて高いダウンストリームアプリケーションにおすすめ
• 最適化したDNase I 処理ステップとFastGene™ mini-elute columnのテクノロジーを併用することで、高純度で高品質なRNA 精製を保証

 

【 仕様 】

  スタンダード ラージインプット
推奨サンプル量 培養細胞 <5×106 <1×107
組織 <10 mg <20 mg
溶出量 20 μL(10~50 μL) 50 μL(20~50 μL)
所要時間(6 prepsあたり) 約60分間 約60分間
フォーマット シリカメンブレン法

※組織によって最適な前処理をお選び下さい、サンプルや部位によって得られる収量は異なります。

一般的な収量
• 培養細胞(1×106 HeLa 細胞)の場合 :10-20 μg
• 組織(20mg マウス肝臓組織)の場合 :50-100 μg

 

【 キット内容 】

  6回用 50回用 250回用
溶解バッファー(RL) 4 mL   25 mL   125 mL  
洗浄バッファー 1(RW1) 4 mL   35 mL   170 mL  
洗浄バッファー 2(RW2) 2 mL   20 mL   2×50 mL  
RNA 再結合バッファー(RBD) 1 mL   8 mL   36 mL  
溶出バッファー
(RE:RNase free water)
1.5 mL   30 mL   200 mL  
DNaseⅠ 懸濁溶液
(DNaseⅠ reconstitution solution)
1.5 mL   1.5 mL   1.5 mL  
10×DNaseⅠ 反応バッファー
(10×DNaseⅠ reaction buffer)
50 μL   500 μL   2×1 mL  
DNase I(凍結乾燥) 110 Kunitz units 110 Kunitz units 560 Kunitz units
FastGene™ RNA filter column 6 本   50 本   250 本  
FastGene™ RNA binding column 6 本   50 本   250 本  
FastGene™ RNA mini-elute column 6 本   50 本   250 本  
 1.5 mL コレクションチューブ 12 本   100 本   500 本  
 2 mL コレクションチューブ 18 本   150 本   750 本  

 

【 保存条件 】

• FastGene™ RNA mini-elute columnのみ到着後4℃
• 他構成品は全て室温(15~25℃)

 

 Cat.No.   入数
  FG-81006 FastGene™ RNA Premium Kit トライアルキット 6回用  
  FG-81050 FastGene™ RNA Premium Kit 50回用  
  FG-81250 FastGene™ RNA Premium Kit 250回用  

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