日本ジェネティクスのテクニカルノートとは？
発売したばかりの新製品の性能評価や、既存製品の最適な条件を追求するための条件検討をすることでお客様に心からご納得頂いた上で商品をお使い頂けるよう、様々な評価試験を行っています。
採用前の検討資料として、または採用後の最適条件検討資料としてご活用ください。
また、当データに関するご質問はお気軽にページ下部のフォームよりお問い合わせください。
評価製品：
Nanobind CBB Big DNA Kit（Cells, Bacteria, Blood）
（Circulomics, Cat.No. NB-900-001-01）
目的
Nanobind CBB Big DNA Kitを用いて培養細胞（Jurkat細胞）から長鎖DNAの抽出が可能か検証した。
背景
次世代シーケンスなどのいくつかのアプリケーションにおいて、長鎖DNAを抽出することはダウンストリームの成功率を上げるうえでも、非常に重要となる。
一般的に、長鎖DNAは、有機溶媒や、磁気ビーズを用いた方法で抽出される方法が知られているが、「Nanobind CBB Big DNA Kit」は、独自の結合メカニズムにより、「Nanobind ディスク」にDNAを結合させて、長鎖DNAを抽出することができる。
大きな表面積と独自の結合メカニズムにより、ディスク表面の高密度シリカのナノ構造にDNAが結合します。
これにより、ハイクオリティな高分子（50 kb ～ 300+ kb）または超高分子（50 kb ～ 1+ Mb）ゲノムDNAを得ることができます。
Cat.No. NB-900-001-01
価格（税抜）￥83,000（20回用）
※2021年2月現在
プロテイナーゼK
RNase A
CLE3（消化）バッファー
BL3（溶解/ 結合）バッファー
CW1（洗浄）バッファー
CW2（洗浄）バッファー
EB（溶出）バッファー
Nanobindディスク
実験手順
「Nanobind CBB Big DNA Kit」を使用して、n=3で抽出を行った。
サンプル：Jurkat 細胞 1×10⁶ 個
結果
収量の測定
収量をQubitで測定した。
| サンプル No. |
（ng/μL） | x4 | Qubit | ||
|---|---|---|---|---|---|
|
Conc. |
Total Yeild （μg） |
||||
| 75 μL 溶出 | 1 | 15.3 | 61.2 | 62.27 | 4.67 |
| 16.1 | 64.4 | ||||
| 15.3 | 61.2 | ||||
| 2 | 5.48 | 21.92 | 21.87 | 1.64 | |
| 5.62 | 22.48 | ||||
| 5.3 | 21.2 | ||||
| 3 | 6.18 | 24.72 | 24.88 | 1.87 | |
| 6.28 | 25.12 | ||||
| 6.2 | 24.8 | ||||
どのチューブにおいても1×10⁶ 個の細胞からトータル1.5 μg 以上回収する事ができた。
PippinPulse泳動
各レーン300 ngとなるようにサンプルを調整
① NEBマーカー 1/4slice
② NEBマーカー 1/4slice
③ invitrogenマーカー 2.0 μL
④ FG 1 kbマーカー 2.5 μL + DW7 μL
⑤ Sample 1
⑥ Sample 2
⑦ Sample 3
⑧ FG 1 kbマーカー 2.5 μL + DW7 μL
⑨ invitrogenマーカー 2.0 μL
⑩ NEBマーカー 1/4slice
⑪ NEBマーカー 1/4slice
• 操作性も問題なく、特別な装置を必要としないため、誰でも簡単に長鎖DNA断片の取得が可能と考えられる。
・Pippin Pulse用 10X KBB Buffer Cat.No. KBB1001
・MidiPlus2 水平式電気泳動装置
（UVトレイ3種類、1 mm厚 20サンプルコーム、UVトレイダム、電極コード赤黒）Cat.No. ME1571015
・1.5 mm厚 16サンプルコーム MC Cat.No. ME15-16MC-1.5
