日本ジェネティクスのアプリケーションノートとは？
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| アプリケーションノート 2018＜22＞ 製品名：モバイル リアルタイムPCR装置（PicoGene® PCR1100） メーカー名：日本板硝子株式会社 |
下記データは、東京大学大気海洋研究所 地球表層圏変動研究センター 生物遺伝子変動分野 伊知地稔 先生のご厚意により掲載させていただきました。
実験概要
海洋の表層から深層に生息する微生物の現存量を調査するために、学術研究船等に乗船し、対象とする微生物の遺伝子数を測定している。本モバイルリアルタイムPCR装置のモニターに応募した目的は、本装置を学術研究船に持ち込んで、航海中に船上で対象遺伝子検出が可能か、船の揺れが測定結果に影響を与えるかなどを検証するためである。
 船上測定で利用した東北海洋生態系調査研究船「新青丸」 |
 新青丸船内の実験室における作業の様子 |
実験材料
今回は陸上試験と同様な検量線が引けるかで検証したので、環境試料から得られたクローン（プラスミド）をテンプレートとした。
プラスミド名 ：kt1184
プライマー ：27F & 1492R（DeLong et al. 2006）
blastによる近縁種：Nitrospira marina Nb-295（X82559）、相同性92%
| ● 反応組成 |
|
| Template Enzyme Buffer Primer-F Primer-R Probe DW |
1.0 μL 0.8 μL 10.0 μL 1.0 μL（10000 nM） 1.0 μL（10000 nM） 1.0 μL（10000 nM） 5.2 μL |
| Total | 20.0 μL |
| ● 使用したプライマーとプローブ | ● PCR試薬の種類 |
| Primer-F：Bac358F Primer-R：Bac781R Probe ：515R （Nadkarni et al. 2002） |
酵素 KAPA 3G Plant |
| ● 反応プログラム | |
| Hot Start Denature Anneling Cycles |
95℃／ 15 sec 95℃／ 4 sec 60℃／ 15 sec 50 cycles |
結果
検体番号001：6.03×10^8 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 11 sec |
船上測定／計測時間：17 min 17 sec |
検体番号002：6.03×10^7 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 08 sec |
船上測定／計測時間：17 min 16 sec |
検体番号003：6.03×10^6 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 11 sec |
船上測定／計測時間：17 min 24 sec |
検体番号004：6.03×10^5 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 15 sec |
船上測定／計測時間：17 min 19 sec |
検体番号005：6.03×10^4 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 17 sec |
船上測定／計測時間：17 min 15 sec |
検体番号006：6.03×10^3 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 15 sec |
船上測定／計測時間：17 min 11 sec |
検体番号007：6.03×10^2 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 15 sec |
船上測定／計測時間：17 min 14 sec |
検体番号008：6.03×10^1 copies/μL
陸上測定／計測時間：17 min 13 sec |
船上測定／計測時間：17 min 12 sec |
検量線（x10^8 ～ x10^3）
陸上測定 |
船上測定 |
検量線（x10^6 ～ x10^1）
陸上測定 |
船上測定 |
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- 製品情報詳細ページ： モバイル リアルタイムPCR装置 PicoGene® PCR1100
- アプリケーションノート検索ページ（型番・キーワード・アプリケーションから検索可能）
操作も簡単で、航海中の船上での対象遺伝子検出に適していると考えられる。
航海中の船の揺れの影響も無かった。