【お客様事例】Pippin Pulseによる長鎖DNA（100kb）の電気泳動結果

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アプリケーションノート 2015<25>

製品名：パルスフィールド電気泳動パワーサプライ Pippin Pulse（PPI0200）
メーカー名：Sage Science社

このアプリケーションノートは、国立遺伝学研究所比較ゲノム解析研究室のお客様のご厚意により掲載させていただきました。ここに深く感謝申し上げます。

背景

パルスフィールド電気泳動は、長鎖DNA を解析する方法である。
通常、一般的な定電流を用いた電気泳動では、10-15kb 以上の長鎖DNA断片を泳動しようとすると、バンドがテーリングしてスメアになるなど、分離が不十分になり、うまく泳動できない場合がある。
この問題を解決するために開発されたパルスフィールド電気泳動は、電気泳動中に電界の方向を切り替えることで、長鎖DNA 断片をより精度よく分離しゲルに展開することが可能である。
今回、簡便で使い易いパルスフィールド電気泳動パワーサプライPippin Pulse を用いて、長鎖DNA（100kb）の泳動において、精度よく分離できるかどうかの評価を行った。

Pippin Pulse 泳動結果

各種長鎖解析用DNA マーカーをPippin Pulse のプリセットプロトコルを用いて泳動した結果、十分な解像度で分離できていることがわかった。

レーン	マーカー
8-48kb	CHEF DNA Size Standards, 8-48kb Ladder (200ng/well) Bio Rad (Cat No.170-3707)
λ	Lambda Ladder PFG Marker (250ng/well) NEB (Cat.No. N0340S) #discontinued
5kb	CHEF DNA Size Standards, 5kb Ladder (100ng/well) Bio Rad (Cat No.170-3624)
1kb EXt.	1kb Extension Ladder (200ng/well) Invitorogen (Cat No.10511-012)

泳動条件
染色試薬	エチジウムブロマイド1万倍希釈
ゲルの大きさ	縦150mm×横150mm
コーム1wellあたりの大きさ	1mm厚×5mm幅 (19検体用コーム)
ゲルの量	110ml
泳動槽	日本エイドー　NB-1011
イルミネーター	UV
撮影装置	ATTO社 AE6932GXN-U
f値	2から4
露光時間	1/5 sec

実験手順

1. ゲルシステムをセットアップ（ゲル作製、サンプルロード）する。

2. PCとPippin PulseをUSB接続し、それぞれの電源をONにする。

3. PCのディスクトップにあるPippin Pulse Iconをダブルクリックしてアプリケーションを立ち上げる。

4. クリックしてプロトコールを選択する。

5. ラン時間の設定を行う。(デフォルトは2時間に設定されている)

6. スタートをクリックする。(※)

7. 泳動が完了したらゲルを解析する。