日本ジェネティクスのアプリケーションノートとは?
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アプリケーションノート 2019<01> 製品カテゴリ:核酸精製・クリーンアップ、逆転写酵素、qPCR試薬 製品/メーカー名: ● RNA抽出 High Pure RNA Tissue Kit(50rx)(12033674001)/ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社 FastGene™ RNA Basic Kit(FG-80250)/日本ジェネティクス株式会社 ● 逆転写反応 Transcriptor ユニバーサルcDNAマスター(05893151001)/ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社 FastGene™ Scriptase Ⅱ Master Mix(5X)(NE-LS64)/日本ジェネティクス株式会社 FastGene™ Scriptase Basic cDNA Synthesis(NE-LS62)/日本ジェネティクス株式会社 ● qPCR FastStart Essential DNA Green Master Mix (06402712001)/ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社 |
下記データは、国内のお客様からのご厚意により掲載させていただきました。
既存のキット(Roche製品)と同様にFastGene™の製品(ScriptaseⅡ,Basic)がほぼ同等に使用できるかを検討した。
サンプル:マウスの肝臓をRNAlater(QIAGEN)(76104)に沈めて凍結保存した。
|
■ RNA抽出キットと逆転写反応キットの組み合わせ表
逆転写反応 | ||||
---|---|---|---|---|
Transcriptor Universal cDNA Master |
FastGene™ ScriptaseⅡ Master Mix |
FastGene™ Scriptase Basic |
||
R N A 抽 出 |
High Pure RNA Tissue Kit | 1 sample | 1 sample | 1 sample |
FastGene™ RNA Basic Kit + DNaseⅠ |
1 sample | 1 sample | 1 sample |
qPCRでは、1 sampleごとに3反復を行う。
■ RNA抽出
High Pure RNA Tissue Kit:High Pure RNA Tissue Kit の取扱説明書の推奨プロトコルに準拠した。
FastGene™ RNA Basic Kit + DNase I set:
FastGene™ RNA Basic Kit の取扱説明書(P12 ~)に記載がある『オプション:オンカラムDNaseⅠ 処理(※)』を通常の操作に加えた。
また、Elution Bufferを100 μLとした(通常は50 μL)。
(※)オンカラムDNaseⅠ 処理を加えた洗浄手順(FastGene™ RNA Basic Kit 取扱説明書より抜粋)
S1 メンブレン洗浄1 (タンパク除去と 反応条件の調製) |
300μL バッファー RW1 ≥ 10,000 x g(室温:20 ~ 25℃) 30 s カラムを新しいコレクションチューブ(2.0mL)に移す |
|
---|---|---|
S2 DNaseⅠ反応 (DNAの分解) |
70 μL DNaseⅠ反応溶液(注:メンブレンの中央に添加) インキュベート(室温:20 ~ 25℃) 10 min |
|
S3 メンブレン洗浄2 (分解DNAと 酵素の除去) |
300 μL バッファー RW1 ≥ 10,000 x g(室温:20 ~ 25℃) 30 s ろ液廃棄後 カラムを元のコレクションチューブ(2.0 mL)に戻す |
|
S4 メンブレン洗浄3 (塩類の除去) |
700 μL of バッファー RW2 ≥ 10,000 x g(室温:20 ~ 25℃) 30 s カラムを新しいコレクションチューブ(2.0 mL)に移す |
■ RNA測定機器
吸光度測定機器:Nano Drop™
■ 逆転写反応
すべてのキットでそれぞれの取扱説明書の推奨プロトコルに準拠した。
■ qPCR プログラム
qPCR装置:LightCycler® 96 System Preincubation :95℃ 600 s ↓ |
||
95℃ 15 s ↓ 60℃ 60 s |
45 cycles | |
↓ Melting :95℃ 1 s → 57℃ 15 s → 98℃ 1 s ↓ Cooling 40℃ 30s |
● RNA収量と純度の結果(吸光度測定 – ナノドロップ)
Sample No. |
A230 | A260 | A280 | 収量 (ng/μL) |
収量平均値 | |
---|---|---|---|---|---|---|
High Pure RNA Tissue Kit | 1 | 4.93 | 10.10 | 4.82 | 403.89 | 472.46 |
2 | 5.03 | 9.63 | 4.61 | 385.32 | ||
3 | 7.87 | 15.70 | 7.47 | 628.16 | ||
FastGene™ RNA Basic Kit + DNaseⅠ |
1 | 5.11 | 10.52 | 5.04 | 420.91 | 477.36 |
2 | 4.89 | 9.97 | 4.77 | 398.71 | ||
3 | 8.44 | 15.31 | 7.26 | 612.46 |
● qPCR結果(Cq 値の確認)
RNA 抽出 | 逆転写反応 | Cq 値 | mean | stdev |
---|---|---|---|---|
High Pure RNA Tissue Kit | Transcriptor ユニバーサル cDNAマスター |
24.43 | 23.89 | 0.67 |
23.14 | ||||
24.09 | ||||
FastGene™ Scriptase Ⅱ Master Mix (5X) |
22.82 | 23.63 | 0.70 | |
24.04 | ||||
24.03 | ||||
FastGene™ Scriptase Basic cDNA Synthesis |
24.02 | 23.87 | 0.46 | |
23.36 | ||||
24.24 | ||||
FastGene™ RNA Basic Kit | Transcriptor ユニバーサル cDNAマスター |
24.83 | 23.99 | 0.91 |
23.03 | ||||
24.12 | ||||
FastGene™ Scriptase Ⅱ Master Mix (5X) |
23.29 | 23.83 | 0.47 | |
24.09 | ||||
24.11 | ||||
FastGene™ Scriptase Basic cDNA Synthesis |
24.00 | 23.84 | 0.47 | |
23.31 | ||||
24.20 |
各サンプル(cDNA)に対し、PCRを3反復で行った
試薬の組み合わせによるそれぞれのCq 値 |
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- 製品情報詳細ページ:
● RNA抽出
High Pure RNA Tissue Kit
FastGene™ RNA Basic Kit
● 逆転写反応
Transcriptor ユニバーサル cDNAマスター
FastGene™ Scriptase Ⅱ Master Mix(5X)
FastGene™ Scriptase Basic cDNA Synthesis
● qPCR
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