【お客様事例】エゾヤマザクラの細根（内生糸状菌）のPCR産物の精製

日本ジェネティクスのアプリケーションノートとは？

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アプリケーションノート 2016<11>

製品名：FastGene™ Gel / PCR Extraction Kit（FG-91202, FG-91302）
FastGene™ ゲルカッター（FG-830）
メーカー名：日本ジェネティクス株式会社

下記のデータは、北海道大学農学部森林資源生物学玉井裕様のご厚意により掲載させていただきました。

方法

● サンプルの条件
　サンプル：エゾヤマザクラの細根（内生糸状菌）
● 手順
1. ISOPLANTにより核酸抽出（NIPPON GENE）
2. Gene RED PCR Mix Plus（NIPPON GENE）酵素を用いたPCR
3. 2%アガロースゲル（TBE）、100V、30min電気泳動
4. 目的断片（500 ～ 700bp）をゲルバンドカッター（Cat.No.FG-830/日本ジェネティクス株式会社）により切り出し
5. FastGene™ Gel/PCR Extraction Kit（FG-91302）を使用してDNAを回収した
6. GP3バッファー 30μLで溶出後のDNA溶液を電気泳動した
7. 回収したDNAサンプルのシーケンス解析

エゾヤマザクラの根（Scale:1mm）

結果

● 電気泳動結果
＜精製前＞　　　　　　＜精製後＞

PCR産物　　　　　ゲルバンドカッターで切り出して、抽出キットで回収したサンプル

●シーケンス結果

●まとめ

木の細根内には複数の菌類が内生しており、糸状菌特異的プライマーを使用しても、しばしば複数のPCR産物が得られるため、ゲルカッティングとゲルからの抽出が必要となる。
今回、ゲルバンドカッターとFastGene™ Gel/PCR Extraction Kitを使用することにより、問題なくシーケンスができた。