【製品性能評価】先染め染色法におけるMidori Greenシリーズとエチジウムブロマイドの比較

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テクニカルノート2022＜02＞
評価製品：Midori Green Advance（FastGene™ / Cat.No. NE-MG04）
　　　　　Midori Green Xtra（FastGene™ / Cat.No. NE-MG10）

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目的

核酸染色試薬であるMidori Green Advance、Midori Green Xtra、エチジウムブロマイドにて、それぞれ先染め染色を行い、Blue/Green LEDにて、DNAの検出感度の確認を行う。

概要

Midori Green Advance（以下MGA）とMidori Green Xtra（以下MGX）は、エチジウムブロマイド（以下、EtBr）に代わる安全な核酸染色試薬である。
EtBrの代替試薬では、EtBrとのDNAの見え方（検出感度）の違いが重要であるが、MGAとMGXは、先染め染色ゲルにおけるEtBrとの検出感度の比較検証がされていなかった。
本資料では、MGAとMGXとEtBr各試薬の標準使用量で作成した先染めゲルでDNAラダーを分離した後、Blue/Green LEDでのDNA検出感度の比較検証を行った。

実験結果

各濃度のDNAの見え方

Lane	バンド位置	（DNA量）	EtBr	MGA	MGX
②	3,000 bp	（約25 ng/band）	〇	〇	〇
②	1,500 bp	（約12.5 ng/band）	〇	〇	〇
②	1,000 bp	（約7.5 ng/band）	〇	〇	〇
③	1,000 bp	（約3.75 ng/band）	〇	〇	〇

全ての核酸染色試薬において、25、12.5、7.5、3.75 ngのDNAを検出できた。

使用したDNAラダーの分子量・DNA量

結論

MGA・MGXは、EtBrに代わる先染め染色試薬として使用できることが示された。

実験方法

試薬類
- Midori Green Advance（FastGene™ / Cat.No. NE-MG04）
- Midori Green Xtra（FastGene™ / Cat.No. NE-MG10）
- 10 mg/mL Ethidium Bromide（ナカライテスク / Cat.No. 14631-94）
- FastGene™ DNAラダー（FastGene™ / Cat.No. NE-MWD1P）
- FastGene™ Agarose （FastGene™ / Cat.No. NE-AG02）
- 1×TAE buffer（ナカライテスク / Cat.No. 35430-61）
- Mupid-exU（タカラバイオ / Cat.No. EXU-1）
先染めアガロースゲルの作製
- 以下の試薬をフラスコに混合する。
  ・0.4 g FastGene™ Agarose
  ・40 mL 1×TAE buffer
- 電子レンジでアガロースを溶解する。
- 温度が60℃くらいまで冷めたら、以下の条件で各試薬を加える。
  ① EtBr：2 μL（終濃度: 0.5 μg/mL）
  ② MGA・MGX：1.6 μL（終濃度：4 μL/100 mLゲル溶液）
- ゲルメーカーにゲルを流し込み、固める。
DNAラダーの電気泳動
- 1×TAE bufferをMupid-exUに（400 mL+α）加えて、ゲルをセットする。
- DNAラダーを各ウェルへアプライする。（5.0 μL、2.5 μL、1.25 μL、0.625 μL/Lane）
- 100V、20分の条件で電気泳動を行う。